Formación en línea

Clicando sobre la aplicación "Química" en la página principal, se abrirá una ventana para "Aplicaciones químicas en Biomodel", que nos permitirá dibujar nuestras propias moléculas en 3D, llamada Brico-moléculas.

Se abre una página con dos ventanas, una a la izquierda para dibujar la molécula en 2D y una a la derecha donde se visualizará la estructura 3D. Seguimos los pasos indicados:

1. Dibujar la molécula 2D utilizando los elementos que aparecen: Enlaces sencillos, dobles, triples, cadenas largas de carbonos y ciclos. También se pueden añadir átomos diferentes del C, seleccionando el símbolo y clicando sobre la posición deseada.
   

   
   

2. Elige un nombre para poderla identificar, lo ideal es el nombre IUPAC.
3. Pulsando el botón "Transfiere", nos aparecerá la molécula en la ventana del modelo 3D, pero todavía será plana. Le daremos volumen en el siguiente paso.
4. Pulsando el botón "Optimiza", el sistema realiza una serie de cálculos internos que llevan a la estructura tridimensional más estable para esa molécula. En ocasiones es necesario repetir este proceso varias veces, hasta que veamos que ya no cambia.
5. En la ventana de la derecha podemos utilizar las herramientas que ya hemos visto para interaccionar con la molécula (girar, tipo de visualización, etiqueta en los elementos, color de fondo). Además, podremos verla en una ventana grande, tomar una imagen en formato .png para utilizarla posteriormente en cualquier programa o bien descargarla en formato .mol, para poderla visualizar en otras partes de Biomodel.
   
6. Podemos realizar el procedimiento contrario, por ejemplo, si conocemos el nombre de la molécula pero no su estructura, lo podemos escribir (en inglés) en la ventana correspondiente y clicar sobre el botón con la flecha para visualizarla en 3D. Posteriormente podemos pasarla a estructura 2D para identificarla (también se pueden utilizar las flechas centrales).